Bioinformaatika

TÜ üksuste kontaktandmed

valdkonna dekanaat

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5341

Faculty email:
hv.dekanaat [at] ut.ee

Faculty address:
Jakobi 2, ruumid 116–121, 51005 Tartu
ajaloo ja arheoloogia instituut

Faculty link:
www.flaj.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5651

Faculty address:
Jakobi 2, 51005 Tartu
eesti ja üldkeeleteaduse instituut

Faculty link:
keel.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5221

Faculty email:
keeleteadus [at] ut.ee

Faculty address:
Jakobi 2, IV korrus, 51005 Tartu
filosoofia ja semiootika instituut

Faculty link:
www.flfi.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5314

Faculty email:
filosoofia.semiootika [at] ut.ee

Faculty address:
Jakobi 2, ruumid 309–352, 51005 Tartu
kultuuriteaduste instituut

Faculty link:
www.flku.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5223

Faculty email:
kultuuriteadused [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 16, 51003 Tartu
maailma keelte ja kultuuride kolledž

Faculty link:
maailmakeeled.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty email:
keeled [at] ut.ee

Faculty address:
J. Liivi 4, 50409, Tartu
usuteaduskond

Faculty link:
us.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5300

Faculty email:
us [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 18-310, 50090 Tartu
Viljandi kultuuriakadeemia

Faculty link:
kultuur.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
435 5232

Faculty email:
kultuur [at] ut.ee

Faculty address:
Posti 1, 71004 Viljandi

valdkonna dekanaat

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5900

Faculty email:
sotsiaalteadused [at] ut.ee

Faculty address:
Lossi 36, 51003 Tartu
haridusteaduste instituut

Faculty link:
www.ht.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 6440

Faculty email:
haridus [at] ut.ee

Faculty address:
Salme 1a–29, 50103 Tartu
Johan Skytte poliitikauuringute instituut

Faculty link:
skytte.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5582

Faculty email:
skytte [at] ut.ee

Faculty address:
Lossi 36–301, 51003 Tartu
majandusteaduskond

Faculty link:
majandus.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 6310

Faculty email:
majandus [at] ut.ee

Faculty address:
Narva mnt 18, 51009 Tartu
psühholoogia instituut

Faculty link:
psychology.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5902

Faculty email:
psyhholoogia [at] ut.ee

Faculty address:
Näituse 2, 50409 Tartu
õigusteaduskond

Faculty link:
oigus.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5390

Faculty email:
oi [at] ut.ee

Faculty address:
Näituse 20–324, 50409 Tartu
ühiskonnateaduste instituut

Faculty link:
yti.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5188

Faculty email:
yhiskonnateadused [at] ut.ee

Faculty address:
Lossi 36, 51003 Tartu
Narva kolledž

Faculty link:
www.narva.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
740 1900

Faculty email:
college [at] narva.ut.ee

Faculty address:
Raekoja plats 2, 20307 Narva
Pärnu kolledž

Faculty link:
www.pc.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
445 0520

Faculty email:
info [at] pc.ut.ee

Faculty address:
Ringi 35, 80012 Pärnu

valdkonna dekanaat

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5326

Faculty email:
med [at] ut.ee

Faculty address:
Ravila 19, 50411 Tartu
bio- ja siirdemeditsiini instituut

Faculty link:
biomeditsiin.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 4210

Faculty email:
bsmi [at] ut.ee

Faculty address:
Biomeedikum, Ravila 19, 50411 Tartu
farmaatsia instituut

Faculty link:
farmaatsia.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5286

Faculty email:
pharmacy [at] ut.ee

Faculty address:
Nooruse 1, 50411 Tartu
hambaarstiteaduse instituut

Faculty link:
hambaarstiteadus.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
731 9856

Faculty address:
Raekoja plats 6, 51003 Tartu
kliinilise meditsiini instituut

Faculty link:
kliinilinemeditsiin.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5323

Faculty email:
kmi [at] ut.ee

Faculty address:
L. Puusepa 8, 50406 Tartu
peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut

Faculty link:
tervis.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 4190

Faculty email:
dph [at] ut.ee

Faculty address:
Ravila 19, 50411 Tartu
sporditeaduste ja füsioteraapia instituut

Faculty link:
www.kk.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5360

Faculty email:
kkdek [at] ut.ee

Faculty address:
Jakobi 5–205, 51005 Tartu

valdkonna dekanaat

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5820

Faculty email:
ltt [at] ut.ee

Faculty address:
Vanemuise 46–208, 51003 Tartu
arvutiteaduse instituut

Faculty link:
cs.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5445

Faculty email:
ics [at] ut.ee

Faculty address:
Narva mnt 18, 51009 Tartu
genoomika instituut

Faculty link:
www.genoomika.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 4000

Faculty email:
info.genoomika [at] ut.ee

Faculty address:
Riia 23b, 51010 Tartu
Eesti mereinstituut

Faculty link:
mereinstituut.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
671 8902

Faculty address:
Mäealuse 14, 12618 Tallinn
füüsika instituut

Faculty link:
www.fi.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty address:
W. Ostwaldi 1, 50411 Tartu
keemia instituut

Faculty link:
chem.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5261

Faculty email:
chemistry [at] ut.ee

Faculty address:
Ravila 14a, 50411 Tartu
matemaatika ja statistika instituut

Faculty link:
math.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5860

Faculty email:
ltms [at] ut.ee

Faculty address:
Narva mnt 18, 51009 Tartu
molekulaar- ja rakubioloogia instituut

Faculty link:
tymri.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5027

Faculty address:
Riia 23, 23b–134, 51010 Tartu
Tartu observatoorium

Faculty link:
www.kosmos.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 4510

Faculty email:
kosmos [at] ut.ee

Faculty address:
Observatooriumi 1, Tõravere, 61602 Tartumaa
tehnoloogiainstituut

Faculty link:
tuit.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 4800

Faculty email:
info [at] tuit.ut.ee

Faculty address:
Nooruse 1, 50411 Tartu
ökoloogia ja maateaduste instituut

Faculty link:
www.omi.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5835

Faculty email:
om [at] ut.ee

Faculty address:
Vanemuise 46, 51003 Tartu

Asutused

raamatukogu

Faculty link:
utlib.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5702

Faculty email:
library [at] utlib.ee

Faculty address:
W. Struve 1, 50091 Tartu
teaduskool

Faculty link:
teaduskool.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5581

Faculty email:
teaduskool [at] ut.ee

Faculty address:
Uppsala 10, 51003 Tartu
muuseum

Faculty link:
muuseum.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5674

Faculty email:
muuseum [at] ut.ee

Faculty address:
Lossi 25, 51003 Tartu
loodusmuuseum ja botaanikaaed

Faculty link:
natmuseum.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 6076

Faculty email:
loodusmuuseum [at] ut.ee

Faculty address:
Vanemuise 46, 51003 Tartu

Tugiüksused

ettevõtlus- ja innovatsioonikeskus

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 4809

Faculty email:
eik [at] ut.ee

Faculty address:
Narva mnt 18, 51009, Tartu
grandikeskus

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 6215

Faculty address:
Raekoja plats 9, 51004 Tartu
hankeosakond

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 6632

Faculty email:
tuuli.ilula [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 18a, 51005 Tartu
infotehnoloogia osakond

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 6000, arvutiabi: 737 5500

Faculty email:
ito [at] ut.ee, arvutiabi [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 18a, 51005 Tartu
kantselei

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5606

Faculty email:
kantselei [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 18a, 51005 Tartu
kinnisvaraosakond

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5137

Faculty address:
Ülikooli 18a, 51005 Tartu
kirjastus

Faculty link:
www.tyk.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
+372 737 5945

Faculty email:
tyk [at] ut.ee

Faculty address:
W. Struve 1, 50091 Tartu
personaliosakond

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5145

Faculty email:
personal [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 18, ruumid 302 ja 304, 50090 Tartu
rahandusosakond

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5125

Faculty email:
rahandus [at] ut.ee

Faculty address:
Jakobi 4, 51005 Tartu
rahvusvahelise koostöö ja protokolli osakond

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 6123

Faculty email:
iro [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 18, ruumid 104, 304, 305, 50090 Tartu
rektoraat
rektoraadi büroo

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5600

Faculty email:
rektor [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 18, 51014 Tartu
siseauditi büroo

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty email:
siseaudit [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 18–244, 51005 Tartu
Tallinna esindus

Faculty link:
www.ut.ee/et/tallinna-esindus

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 6600

Faculty email:
esindus [at] tallinn.ut.ee

Faculty address:
Teatri väljak 3, 10143 Tallinn
turundus- ja kommunikatsiooniosakond

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5687

Faculty email:
info [at] ut.ee, avalik [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 18, ruumid 102, 104, 209, 210, 50090 Tartu
õppeosakond

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty phone:
737 5620

Faculty address:
Ülikooli 18, 50090 Tartu
üliõpilasesindus

Faculty link:
tyye.ut.ee

Faculty contacts link:
Töötajate kontaktandmed

Faculty email:
info [at] tyye.ee

Faculty address:
Ülikooli 18b, 51005 Tartu

Muud üksused

MTÜ Tartu Ülikooli Akadeemiline Spordiklubi

Faculty link:
www.tysk.ee

Faculty phone:
737 5371

Faculty email:
info [at] tysk.ee

Faculty address:
Ujula 4, 51008 Tartu
MTÜ Tartu Üliõpilasküla

Faculty link:
www.campus.ee

Faculty phone:
740 9959

Faculty email:
info [at] campus.ee

Faculty address:
Narva mnt 25, 51013 Tartu
MTÜ Tartu Üliõpilasmaja

Faculty link:
www.tym.ee

Faculty phone:
730 2400

Faculty email:
tym [at] ut.ee

Faculty address:
Kalevi 24, Tartu
SA Tartu Ülikooli Kliinikum

Faculty link:
www.kliinikum.ee

Faculty phone:
731 8111

Faculty email:
kliinikum [at] kliinikum.ee

Faculty address:
L. Puusepa 1a, 50406 Tartu
Tartu Ülikooli Sihtasutus

Faculty link:
www.sihtasutus.ut.ee

Faculty phone:
737 5852

Faculty email:
tysiht [at] ut.ee

Faculty address:
Ülikooli 18a–106, Tartu
Vaata kõiki muid üksusi

Õppetooli juhataja: prof. Maido Remm
Kontaktandmed: Riia 23b-525, Tel: 737 5001, maido.remm [ät] ut.ee

Õppetöö
Bioinformaatika õppetoolis viiakse auditoorset õppetööd läbi kuues aines, kokku 23 EAP mahus.
3 EAP     LOMR.10.002    Bioinformaatika I (bakalaureusetase)
3 EAP     LOMR.10.005    Bioinformaatika II (bakalaureusetase)
3 EAP    LOMR.10.007    Andmeanalüüs molekulaarbioloogias (bakalaureusetase)
6 EAP    LOMR.10.008    Järjestuste analüüs Linuxi keskkonnas (valikaine)
6 EAP    LTMR.10.001    Genomics and Bioinformatics (Science and Technology õppekava bakalaureusetase)
2 EAP    LTTI.00.012    Laboratoorsed projektid (Science and Technology õppekava bakalaureusetase)

Peamised uurimissuunad
1. Bakterigenoomide järjestuste arvutuslik analüüs, bakteritüvede virulentsuse ning antibiootikumi resistentsuse ennustamine genoomi järjestuse alusel.
2. DNA järjestusel põhinevate diagnostiliste testide arendamine.
3. Kiirete arvutusmeetodite arendamine inimese personaalsete genoomide analüüsiks.

Uurimistöö kirjeldus

Bakterigenoomide järjestuste arvutuslik analüüs, bakteritüvede virulentsuse ning antibiootikumi resistentsuse ennustamine genoomi järjestuse alusel.

Viimasel ajal oleme osalenud paljudes suurtes koostööprojektides, kus sekveneeritakse sadu või tuhandeid bakteri isolaate. Oleme testinud ja arendanud arvutuslikke tööriistu, mis on vajalikud nendes projektides tekkivate genoomijärjestuste analüüsiks.Iga uuritav genoom on vaja assambleerida, seejärel teostatakse neile liigi kontroll (kas sekveneerimiseks korjati õige bakteriliik), saastuse kontroll (ega teisi liike andmetes sees ei ole), MLST tüübi määramine, tuumikgenoomi puu ehitamine, resistentsusgeenide otsimine,
resistentsusgeenide konteksti (ümbritsevate geenide) analüüs, plasmiidide olemasolu ennustamine ja plasmiidide kirjeldamine. Mõned meie töörühmas arendatud genoomide analüüsi programmid on kirjeldatud artiklites Roosaare et al., 2017 (StrainSeeker), Roosaare et al., 2018 (PlasmidSeeker) ja Aun et al., 2018 (PhenotypeSeeker).

Sellisel suuremahulisel bakterigenoomide analüüsil võib olla erinevaid bioloogilisi või meditsiinilisi eesmärke. Üheks levinumaks eesmärgiks on bakteritüvede või resistentsusgeenide leviku epidemioloogiline analüüs: saame uurida kuidas levivad bakteritüved või resistentsusgeenid naaberriikide vahel, erinevate keskkondade (virts, pinnavesi) või erinevate peremeesorganismide vahel (inimene, koduloomad, rändlinnud). Juurde saab tuua ka ajalise skaala küsides kui kiiresti bakteritüved või resistentsusgeenid piirkondade, keskkondade või peremeesorganismide vahel üle kanduvad.
Teine levinud genoomide uurimise eesmärk on funktsionaalne analüüs, mille käigus selgitatakse millised genoomi piirkonnad on loodusliku valiku surve all. Selleks paigutatakse bakterid mingisse keskkonda, kus toimub selektsioon. Seejärel sekveneeritakse mõned bakterite isolaadid, mis jäid ellu pärast selektsiooni. Neid võrreldakse genoomidega isolaatidest, mis eraldati enne selektsiooni. Sageli õnnestub tuvastada olulised muutused vaid mõnes üksikus geenis ja nii teada saada millised geenid on olulised muutunud keskkonnatingimustes ellujäämiseks. Üheks näiteks sellisest uurimistööst on Jõers et al., 2019, kus uuriti milline ainevahetusrada osaleb muropeptiidide olemasolu tunnetamisel uinuvates bakterirakkudes.

Kolmas levinud eesmärk bakterigenoomide uurimisel on nende bakterite omaduste ennustamine järjestuse alusel. Enamasti on ennustatavateks omaduseks virulentsus või resistentsus erinevatele antimikroobsetele ainetele. Selles valdkonnas oleme oma töögrupiga asunud aktiivselt arendama vastavaid ennustusmudeleid. Meie ennustusmudelite sisendiks on uuritava bakteritüve DNA järjestus, selle alusel peaks mudel suutma ennustada millistele antibiootikumidele antud bakteritüvi on resistentne. Lisaks diagnostilisele väärtusele võimaldavad sellised mudelid ka teada saada millised geenid osalevad resistentsuse tekkes. Meie tarkvara võimalustega saab tutvuda programmi PhenotypeSeeker veebilehel.

DNA järjestusel põhinevate diagnostiliste testide arendamine.

Oleme oma uurimisgrupis juba rohkem kui 10 aastat uurinud DNA ahelate omavahelist paardumist ja DNA ahela pikenemist polümeraasi ahelreaktsiooniga (PCRiga). DNA ahelate paardumine on aluseks paljudele molekulaarbioloogilistele meetoditele, seetõttu on oluline mõista ja ennustada milline DNA järjestus võib teistega paarduda ja kuidas see protsess täpselt realiseerub. Meie tegevus hõlmab DNA paardumise biokeemilist modelleerimist ja vastava tarkvara kirjutamist. Meie töörühm on laialt levinud praimerite disaini programmi Primer3 üks peamistest arendajatest.

Meie DNA-DNA paardumise alased teadmised leiavad praktikas kasutamist mitmesuguste PCR-il põhinevate molekulaarsete testide näol. Näiteks oleme me aidanud luua diagnostilisi teste haigustekitajate avastamiseks patsientide proovidest AS-le Quattromed HTI (praeguse nimega SynLab Eesti OÜ) ja toiduallergeenide DNA avastamise teste koostöös AS-ga Icosagen. Oleme arendanud välja diagnostilise testi vastsündinute sepsise põhjustajate leidmiseks koostöös Hollandi ettevõttega Microbiome (van den Brand et al., 2014). Hetkel on käimas töö multipleks-PCR testide arendamiseks, mis võimaldaksid Listeria monocytogenes ohtlikke tüüpe senisest kiiremini määrata.

Pikemale perspektiivile mõeldes arendame mitte ainult PCR teste, aga ka DNA sekveneerimisel põhinevaid diagnostilisi teste. DNA sekveneerimise suur eelis PCRi ees on selles, et kui PCR test võimaldab tuvastada vaid ühte patogeeni ühe testiga, siis sekveneerimine võimaldab analüüsida kõiki uuritavas proovis olevaid haigustekitajaid korraga. Eestis on DNA sekveneerimisel põhinevad testid juba mitmes kohas kasutusele võetud, üheks kuulsamaks näiteks on seni koroonaviiruste tuvastamine reoveest. Meie õppetooli panus DNA sekveneerimisel põhinevate testide arendusse on niinimetatud „signatuur-järjestuste“ leidmine igale uuritavale liigile. Signatuur-järjestused on 16-32 nukleotiidi pikkused järjestuse fragmendid mis on iseloomulikud ainult ühele uuritavale liigile. Üheks publitseeritud näiteks selles vallas on meie töörühma artiklid Raime ja Remm, 2018 ja Raime et al., 2020, kus kirjeldame signatuur-järjestuste valimise metoodikat taimsete toidukomponentide tuvastamiseks toidu sekveneerimise andmetest.
Põhimõtteliselt on võimalk leida ka funktsionaalseid signatuur-järjestusi, mis on seotud mingi kindla biokeemilise funktsiooni või ainevahetusraja olemasoluga rakkudes. Siin on üheks näiteks antimikroobse resistentsuse tuvastamine signatuur-järjestustega. Tahaksime arendada selliseid teste ka inimese mikrobioomi uurimiseks.

Kiirete arvutusmeetodite arendamine inimese personaalsete genoomide analüüsiks.

Viimase viie aasta jooksul oleme koostanud mitmeid originaalseid meetodeid inimeste personaalsetest genoomijärjestustest erinevate variantide leidmiseks. FastGT (Pajuste et al., 2017) leiab 30 minutiga kõik varem kirjeldatud ühenukleotiidsed variandid ja indelid, KATK leiab kõik nii varem kirjeldatud kui uued (de novo) variandid ca 3 tunniga (Kaplinski et al., preprint). Lisaks arendame metoodikat Alu kordusjärjestuste inserteerumiste tuvastamiseks indiviidide genoomidest (Puurand et al., 2019), geenide koopia arvude (näiteks amülaasi geen) ja VNTR kordusjärjestuste nagu näiteks ACAN, MAO jt. (Örd et al., 2020) koopia arvude leidmiseks.

Meie meetodid kasutavad senistest väga erinevat lähenemist ja on seetõttu ca 30 korda kiiremad traditsiooniliselt kasutatavatest meetoditest, seejuures kaotamata täpsuses. Tarkvara kiirus on ülimalt oluline just suuremahulistes inimgenoomi uurimise projektides.

Valik publikatsioone

Kaplinski L, Möls M, Puurand T, Pajuste FD, Remm M (2020). KATK: fast genotyping of rare variants directly from unmapped sequencing reads. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.12.23.424124. [Full text]
Raime K, Krjutškov K and Remm M. (2020). Method for the Identification of Plant DNA in Food Using Alignment-Free Analysis of Sequencing Reads: A Case Study on Lupin. Front. Plant Sci., 11:646. [Full text]
Örd T, Puurand T, Örd D, Annilo T, Möls M, Remm M and Örd T. (2020). A human-specific VNTR in the TRIB3 promoter causes gene expression variation between individuals. PLoS Genet., 16(8):e1008981. [Full text]
Telling K, Brauer A, Laht M, Kalmus P, Toompere K, Kisand V, Maimets, M, Remm M, Tenson T and Lutsar I. (2020). Characteristics of Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing Enterobacteriaceae and Contact to Animals in Estonia. Microorganisms, 8:1130. [Full text]
Puurand T, Kukuškina V, Pajuste FD and Remm M. (2019). AluMine: alignment-free method for the discovery of polymorphic Alu element insertions. Mobile DNA, 10:31. [Full text]
Sepp E, Andreson R, Balode A, Bilozor A, Brauer A, Egorova S, Huik K, Ivanova M, Kaftyreva L, Kõljalg S, Kõressaar T, Makarova M, Miciuleviciene J, Pai K, Remm M, Rööp T, Naaber P. (2019). Phenotypic and Molecular Epidemiology of ESBL-, AmpC-, and Carbapenemase-Producing Escherichia coli in Northern and Eastern Europe. Front Microbiol., 10:2465. [Full text]
Aun E, Brauer A, Kisand V, Tenson T and Remm M. (2018). A k-mer-based method for the identification of phenotype-associated genomic biomarkers and predicting phenotypes of sequenced bacteria. PLoS Computational Biology, 14(10):e1006434. [Full text]
Telling K, Laht M, Brauer A, Remm M, Kisand V, Maimets M, Tenson T and Lutsar I. (2018). Multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa in Estonian hospitals. BMC Infect Dis., 18(1): 513. [Full text]
Roosaare M, Puustusmaa M, Möls M, Vaher M, and Remm M. (2018). PlasmidSeeker: identification of known plasmids from bacterial whole genome sequencing reads. PeerJ, 6: e4588. [Full Text]
Sauk M, Žilina O, Kurg A, Ustav EL, Peters M, Paluoja P, Roost AM, Teder H, Palta P, Brison N, Vermeesch JR, Krjutškov K, Salumets A and Kaplinski L. (2018). NIPTmer: rapid k-mer-based software package for detection of fetal aneuploidies. Scientific Reports, 8(1):5616. [Full Text]
Raime K and Remm M. (2018). Method for the Identification of Taxon-Specific k-mers from Chloroplast Genome: A Case Study on Tomato Plant (Solanum lycopersicum). Frontiers in Plant Science, 9: 6. [Full Text]
Kõressaar T, Lepamets M, Kaplinski L, Raime K, Andreson R and Remm M. (2018). Primer3_masker: integrating masking of template sequence with primer design software. Bioinformatics, 34:1937–1938. [Full text]
Pajuste FD, Kalpinski L, Möls M, Puurand T, Lepamets M, Remm M. (2017). FastGT: an alignment-free method for calling common SNVs directly from raw sequencing reads. Scientific Reports, 7:2537 [Full Text]
Roosaare M, Vaher M, Kaplinski L, Möls M, Andreson R, Lepamets M, Kõressaar T, Naaber P, Kõljalg S, Remm M. (2017). StrainSeeker: fast identification of bacterial strains from raw sequencing reads using user-provided guide trees. PeerJ, 5: e3353. [Full Text]
Van den Brand M, Peters RP, Catsburg A, Rubenjan A, Broeke FJ, van den Dungen FA, van Weissenbruch MM, van Furth AM, Kõressaar T, Remm M, Savelkoul PH, Bos MP. (2014). Development of a multiplex real-time PCR assay for the rapid diagnosis of neonatal late onset sepsis. Journal of Microbiological Methods, 106C:8-15 [Full Text].

http://bioinfo.ut.ee/

Bioinformaatika õppetool - näituse materjal 2010

Otsinguvorm

Bioinformaatika